永嘉县纪委县监委组织机构包括：内设职能部门、下属单位和派驻（出）机构。内设职能部门具体为：办公室、干部室、宣传教育室、党风政风监督室、信访室（申诉复查室）、案件监督管理室、第一至第六纪检监察室、案件审理室、机关党委。
此外，设有永嘉县机关效能监察投诉中心、县纪检监察后勤服务中心等下属单位。
设有中共永嘉县纪委永嘉县监委派驻（出）机构。
内设机构及职责简介
办公室：
负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草县纪委县监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责对外联络工作；负责机关后勤管理和服务工作等；
负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究；
负责提出全县纪检监察制度建设规划、计划；起草全县纪检监察规范性文件；参与起草相关规范性文件；负责纪检监察法规制度的请示咨询、解释答复；承担县纪委县监委机关法律顾问工作等。
干部室：
负责全县纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；根据干部管理权限承办有关干部人事工作；组织和指导全县纪检监察系统干部教育培训工作等；负责机关及派驻（出）机构退休干部工作。
负责监督检查全县纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。
宣传教育室：
负责组织协调全县从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关及派驻（出）机构新闻事务和有关网络信息工作。
党风政风监督室：
负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；综合协调落实全面从严治党主体责任情况的监督检查；综合协调落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实等。
信访室（申诉复查室）：
负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对县纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对县监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析全县信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
案件监督管理室：
负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查全县纪检监察机关依纪依法安全办案情况。
负责贯彻落实党上级党委和县委关于加强反腐败追逃追赃和防逃的决策部署；承担全县反腐败国(境)外追逃追赃和防逃、防止非法资金外流工作的组织协调；承担县委反腐败领导小组办公室和县委反腐败协调小组追逃追赃工作办公室日常工作。
第一至第六纪检监察室：
主要履行依纪依法监督、执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位（乡镇）领导班子及县管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位（乡镇）党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委派驻（出）机构、乡镇纪委、县监委派出乡镇监察办公室落实纪检、监察责任，实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”的按程序提出处置意见并做好相关审查调查工作；综合、协调、指导联系单位（乡镇）及其系统的纪检监察工作等；承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理乡镇级监察机构管辖范围内的监察事项等。
案件审理室：负责审理县纪委县监委直接审查调查的党纪政务案件，司法机关、行政执法机关等移交需要县纪委县监委追究党纪政务责任的案件，下一级党委、纪委报县委、县纪委批准或者备案的党纪案件；指导全县案件审理工作等。
机关党委：负责机关、下属事业单位及派驻（出）机构党群工作。
中共永嘉县纪委永嘉县监委派驻（出）机构:中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县委办公室纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县政府办公室纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县委组织部纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县委宣传部纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县委统战部纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县委政法委纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县发展和改革局纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县财政局纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县教育局纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县卫生健康局纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县人民法院纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县人民检察院纪检监察组、中共永嘉县纪委永嘉县监委驻县公安局纪检监察组、永嘉县委直属机关纪检监察工委。